“首先两者的官制结构不同。三公九卿制度管辖繁杂，无论庶务、军事、监察尽为一体，皇室家政与国政混为一谈，家国不分；而三省六部制则是集决策、核议、庶务为一体，各部间的自有事务分工，彼此间相互制约。”
“其次三公九卿制下的丞相只有一个，协助皇帝处理全国政事，集决策、核议与行政之权于一身，诸事可一言而决；三省六部制下，三省的长官皆可称相，分理诸事，相互制约，以免集权于一人。再有三公九卿制的确立使权力集于中央朝廷，三省六部制的确立则使集权制度趋向于完善。”
“朕明白了。”赵昺点点头道，“秦汉之三公九卿制度，宰相可以独揽大权，谓之独相。而三省六部制度则是三省职权相合才等于一个秦汉的宰相，而监察之权还独立在外，可谓之群相治国。也便是秦时宰相李斯与权阉赵高就能私改诏书，以胡亥继位。三国时期权相曹操就可挟天子以令诸侯，独断朝纲。”
“陛下其实是担心若是恢复三省制，会导致皇权旁落，相权独揽朝政吧？”王应麟听出皇帝言下之意，想想还是直言相告道，“依照字之原意，丞是副贰之意；所谓相，亦是副。皆为皇帝之佐官，仍以皇帝为尊……”
赵昺听着王应麟的解说，其中颇有新意，也有别于自己的理解。丞相依照文字学原义，就如现俗称嫔相，这是新郎新娘的副，新郎新娘不能做的事，由嫔相代理来做。所以丞是副，相也是副，正名定义，丞相就是一个副官。是什么人的副官呢？他该就是皇帝的副官。
现代的国家组织政府往往是一个一个人，不再是一个一个家。不过在秦汉乃至魏晋南北朝，还留下一个很大的问题：便是皇室和政府的关系。皇室是不是即算政府？若把皇室和政府划开，这两边的职权又怎样分？这是秦汉时代首先遇到的一个大问题。
而拿历史大趋势来看，可说中国人一向意见，皇室和政府是应该分开的，而且也确实在依照此原则而演进。皇帝是国家的唯一领袖没有问题，而实际上政权则不在皇室而在政府。代表政府的是宰相，皇帝是国家的元首，象征此国家之统一；宰相是政府的领袖，负政治上一切实际的责任，他们之间也就是一把手二把手的关系。
不过皇权和相权之划分，这也是古代政治史上的大题目。当时皇帝和宰相，各有相关的机构，但两边的组织，大小不同。
汉代皇帝有六尚，尚是掌管意。六尚是尚衣、尚食、尚冠、尚席、尚浴与尚书。五尚都只管皇帝私人的衣服饮食起居。只有尚书是管文书的，这真正是皇宫里的“秘书”了。但汉代开始的尚书，其职权地位本不高，后来才愈弄愈大，最先尚书不过只是六尚之一，也就是皇帝的办公厅而已。
宰相的秘书处呢？共有十三个部门，即是当时所谓的十三曹，一个曹等于现在一个司。宰相府下就有十三个机关。这相府十三曹，此诸曹比之皇室的尚书所管范围大得多，而且此十三曹的权位也很重，就像后代的专部大臣。其实可见汉代实际事权，照法理，该在相府，不在皇室，宰相才是政府的真领袖。
汉代中央政府的组织，就是三公、九卿，这是政府里的最高官。丞相、太尉、御史大夫称三公，丞相管行政，是文官首长；太尉管军事，是武官首长；御史大夫管监察，辅助丞相来监察一切政治设施，它是副丞相。且按照汉代惯例，先做过了御史大夫，才得升任为丞相。
太尉虽与丞相尊位相等，实际除却军事外，不预闻其他政事。因此当时最高行政长官实在是丞相，皇帝实际上不能管理一切事，所以由宰相来代理，且他还要管及皇帝的家务。
不过事实上，宰相既要掌管国家政府的一切事情，便没有闲工夫管皇帝的家事，于是在御史大夫，设有一个御史中丞，他便是御史大夫的副，这个人就住在皇宫里，御史中丞隶属于御史大夫，御史大夫隶属于宰相，相当于皇室一切事仍由由宰相管……