自从赵高向二世请示用鞭笞之刑后，这样的抽打对他来说就已经是家常便饭了，在此后的一段时日里，李斯就莫名其妙地会遭到这样的鞭笞毒打，还要他交代罪证。可是李斯并没有通贼，他交代什么呢？等到最后一次被打之后，他就像是断气了一样，直到半夜里才被冻醒了。这时已经是深秋的天气，晚上非常冷了。李斯就打着冷颤，挣扎着爬到了窗户下面，他想看到一点光明，就慢慢地站起来身来，抬头望着星空，只见这晚的月亮确实很亮，但这无法照透世上的人心……李斯目光如炬，两手紧紧地握着窗前的护栏，他伫立良久，然后老泪纵横道：“哎，可悲啊！无道的君王！我多么后悔让你当上了皇帝，还为你出谋划策，真是愚蠢到家了啊！时至今日，还说我通贼，这是多么的荒谬啊！从前夏桀杀了关龙逢、商纣王杀了比干、吴王杀了伍子胥，这三位臣子难道都不忠心吗？可他们最终也不能幸免一死，正是因为所事奉的君王无道啊！想想我的能力还比不上他们这三位，而二世的无情寡义和昏聩狭隘又远远地超过了他们，没想到我也要为忠君而死了！想想胡亥这小子篡位后，他丧心病狂地杀害了多少人？又穷奢极侈地为自己建造了多少高大宽敞的宫室，还不顾道义和廉耻，大肆向百姓征收赋税。我曾经对这种丧失民心的举措拼死劝谏，可是那个糊涂蛋就是不听。古代的圣王贤君们哪位不是一日三餐有节制，出行车马有定数，宫殿和居室有限度，就是他们所颁布的法令和制度也都要顺从民众的心愿，即使君王的举措有了过失，大臣们也有权利要求他们改正。只有忠臣良将替君分忧，国家才能长治久安啊！可是今天的这位却不是这样，他做的事情太不得人心了，不然怎么能激起天下所有人的反抗？我知道反叛的人数已经遍及全国，叛军也快要打到咸阳，可是这位糊涂蛋却浑然不知，反而继续听信奸贼的话继续乱搞。他们如此对待军国大事，国家岂能长久？我一定要等到山东的叛军攻进咸阳的那一天啊！我一定要目睹山东的叛军是怎样打进咸阳城的！嘿嘿！……到那时，整座咸阳城将会成为麋鹿们栖息的场所啊！上苍！……”李斯说完，心如刀绞，就身不由己地倒下去了，他继续卷缩在那片阴暗潮湿的角落里，显得孤独无助，凄惨无比。
这就是报应，李斯如果心中无私，当初名正言顺地辅佐扶苏登上帝位，就凭他的辅佐之功和扶苏的贤孝仁义之心，他也不会失去今日的荣华富贵。可是他多心了，他担心自己从此无法继续处在权力的最高层，就与赵高合伙害死了贤孝仁慈的长公子扶苏，还有蒙恬、蒙毅，以及始皇帝的所有王子、公主们，这哪是二世的不辩真奸，这分明是那些死去的无数冤魂在报仇、申冤、讨债，后世的人们也应该牢记害人者和与虎谋皮会有什么样的下场。
司马欣来到咸阳，打听不到皇帝的住所，又来到李斯的家里。可是他刚一走到大门口，就发现府门已经被查封了。司马欣是武将，在战场上厮杀惯了，见此情况心中大怒，就想撞开府门进去看个究竟。可是当他破门而入时，却发现里面是一片狼藉，很显然已经被抄了家。司马欣感到大事不妙，自己闯祸了，就赶紧走了出来。这时门外已经有人告诉他：“郎中令要见将军。”司马欣就问：“李丞相去了哪里？”那人道：“丞相指使儿子李由谋反，已经下狱。你身为外将，不知轻重，怎敢擅闯禁地？”司马欣大惊地问：“李丞相怎么可能谋反呢？怕是你们弄错了吧！”那人就喝斥道：“大胆，这是朝廷之事，你怎敢怀疑？”司马欣就不敢再说什么，只好跟着那个人来到了司马门旁边的值班室里。那人就让司马欣在此等候，还让卫兵们小心地看着他，然后就走了。司马欣等了很长时间，也不见有人来传唤他，就有种不祥的预感。原来赵高已经把章邯的家人都抓了起来，他想以此来威胁章邯。赵高又怕走漏了消息，就派人把司马欣带到这个比较安全的地方，就是不让他再到处乱跑。
而此时的赵高在干什么呢？原来他正和二世在一起。这一次二世不知怎么了，他又想起了李斯，就对身边的人说，他还要派人去复审李斯，一定不能冤枉了丞相，因为李斯确实功劳很大。可是这些人都被赵高收买了，他们早就把这话报告了赵高。赵高听说二世对他不放心，还要派专人去复审李斯，就赶紧派人再去审讯李斯。这些人就冒称是从宫里来的，说是奉诏复审李斯。李斯听了这话，心里很高兴，认为这下可能要澄清冤屈了，就如实地向审讯的官员作了汇报，说自己并没有怂恿李由造反，前面的供词全都是郎中令赵高屈打成招，李斯就强烈地要求官员，把这些实情向皇帝奏明，为他申冤。可是审讯结束后，谁知官员又将李斯一顿暴揍。李斯感到莫名其妙，只好大叫：“冤枉！”可是越是喊冤枉，就越被打得厉害。结果一百鞭子下来，李斯又被打死过去。狱卒又用水泼醒李斯，喝斥他为什么不说实话。李斯疼痛难忍，就只好改口道：“自己是楚人，因为念及乡党才和楚人私通！自己也曾经怂恿过儿子李由，叫他不要和楚人为敌。”狱卒听了这话才罢手了，就对李斯道：“你记住，不管什么时候，只要有人问你，你就这样回答，就不会有人打你了！”李斯只好答应了下来。爪牙们就让李斯画了押，然后才离去。前人有诗哀叹道：
严刑峻法任君施，祸报临头悔已迟。
家族将夷犹惜死，桁杨况味请先知。
当天晚上，赵高担心李斯还要翻供，就又指使一个官员连夜去密访，谎称是以前被李斯救助过的家奴，特来看望主人。李斯也想不起自己什么时候帮助过他，认为是天命不绝，便鼓足气力，挥泪写了一份情真意切的奏章，内容是：
罪臣担任丞相，治理国家已经三十年了。先帝的时候，秦国的土地不过千里，军队也只有几十万人，臣下竭尽微薄之力，谨慎地奉行诏令，对外暗中派遣谋士，给他们大量的金银珠宝去游说诸侯；同时对内加紧操练军队，整顿政治，教化民众，任用勇猛善战的才士做官，还尊崇有功之臣，提高爵位和俸禄，所以最终征服了六国，统一了天下，先帝做了始皇帝，这是臣的第一条罪状。建国之初，虽说秦国土地宽广，可是臣又担心南北少数民族的侵扰，于是也同意先帝派兵驱逐匈奴，平定百越，使秦国更加强大，疆域北起阴山，南到大海，这是臣的第二条罪状。建国之后，又重贤用能，尊崇秦国的有功之臣，提高他们的爵位，使君臣关系更加亲密，这是臣的第三条罪状。又帮助先帝确立了社稷的祭奠，修明了宗庙的奉祀，在全国推行郡县制，来昭彰君上的贤能，这是臣的第四条罪状。臣又改定器物徽识和纹饰的款式，统一了度量衡，制定了律令和礼乐制度，还规定了文字的标准与写法，发展了秦国的文化，这是臣的第五条罪状。臣还建议先帝在全国各地修建了高速大道，改进交通道路，又营建咸阳，使得三百里的秦川大地上，宫殿林立，琼楼覆盖，宛如人间的天堂，这显示了君上的得志，这是臣的第六条罪状。臣还建议君上放宽刑法，减轻人民的赋税，来满足君上深得人心的愿望，使得君上得到万民拥戴，至死不忘隆恩，这是臣的第七条罪状。像李斯这样的臣子，犯的罪过实在是太多了，件件都是死罪啊！可陛下一向宠幸我，才使我苟活到今天。臣李斯百拜奉上！
李斯写完奏章，狠命咬破手指，在上面滴上殷红的血迹，表示是泣血上书，赤胆忠心的意思。然后对此人千叮咛万嘱咐，请他一定要亲手交给二世皇帝。那人就答应着把奏书揣走了。李斯此时已是古稀之人，因为心力交瘁，突然一阵眩晕，再次昏倒。