林家的事安定下来之后，郑克殷便也有空闲为更长远的工作提前做个准备。
这一工作，便是他计划当中教化番民的第二阶段任务：改变观念。
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要做到这一点，扶桑殖民司要做的不是像美国、加拿大或澳大利亚曾经那样，试图靠“寄宿学校”来强制同化——这很容易激起番民的不满与反抗。
毕竟任何人都不可能轻易听从别人的话彻底放弃自己本族的语言、神话、传统和风俗习惯。
尽管郑克殷有意模彷原世界线中西班牙为殖民加利福尼亚而广建传教村、迫使原住民皈依天主教的做法，但具体到改变观念的工作，郑克殷有自己的理解和自己的计划。
接下来的几日，回到殖民司的书房之后，郑克殷不断地翻阅书典，又取了纸墨做了许许多多的草稿，大体有了一点初始的思路。
相比于改变生活的工作，改变观念的工作自然要难得多。毕竟前者只需要主动形成汉番混居的格局，教导番民耕种、建筑、纺织；而后者却要求拿出足够吸引人的思想甚至故事，以有效的方式向汉番众民传授。
对于中国古代的文人而言，最理想的状态，当属于令所有番人都熟习四书五经，番人的孩子与汉人的孩子一样每日坐在书塾之中，传出朗朗的读书声；而成年的番人则正衣冠，吟诗书，出口便是“子曰”，言行举止皆符合纲常礼制。
但来自现代的郑克殷恰恰知道愈发趋于保守的儒学已经不再是有利的思想，反倒是压抑人性，阻碍创新，越来越死板地遵行祖宗之法而拒绝任何变革，制度变得僵化，科技不再进步。
“存天理、灭人欲”“饿死事小、失节事大”可不只是停留在纸面上的口号，而是果真如鲁迅所说的那般“吃人”！
与之相对，欧洲人正是在这一时期追求变化与进步，取得越来越多的科技成就和制度创新，最终将满清甩开一大节，最终于公元年以至为残酷的方式打破天朝上国的美梦。
郑克殷既是清楚地“开天眼”知道这些事情，自是不希望把这套思想上的枷锁也套在番民身上。
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尽管明郑势力出身中土，但实际上在很多方面的思想与满清是不一样的，比如满清固守土地，明郑却开拓海洋；比如满清重农抑商、闭关锁国，明郑却积极地与洋人展开各种各样的交流，既交战，也交易。
而具体在儒家思想方面，郑克殷这些日子里从毛兴和林大江等人处了解到，原来洪门是尊崇那一批明末的开明思想家的，比如朱舜水、黄宗羲、顾炎武、王夫之等人便被尊为“先贤”。
这一批有志打破儒家封建枷锁的大儒士将能够给郑克殷改革儒家思想提供许多重要的依据。
而明郑的另一个特点，更是令郑克殷产生更大胆的想法——
那便是宗教信仰的多元化。
一部分现代中国人可能以为古代的中国全民都衷心拥护儒学，甚至以为“中国人自古以来就是无神论者”，但事实绝非如此。
在民间，尤其是在南方的民间，人们热衷于祭祀祖先，热衷于求神拜佛，不管是真武玄天大帝，或是佛祖、弥勒、菩萨、妈祖、关帝，都有祭祀她们的庙祠，人们会出于不同的目的去拜这些神灵。
在平民百姓之外，始终存在的和尚、道士各自在寺庙和道观中习禅修道，而少数洋人和台湾原住民也生活在明郑的统治之下，都带来了各自的信仰。