其中，海兵都督府内设四部二十二司，设海兵左右都督，正一品官职，一级上将军衔，主持海兵所有事项，左都督主外，右都督主内。
设四位都督同知，从一品官职，两位充任幕僚本部幕僚长和后勤装备部本部长，一级上将军衔；两位充任舰队指挥部指挥长、陆战队指挥部指挥长，二级上将军衔。
设八位都督佥事，正二品官职，一位充任直属管理部本部长，中将军衔；一位右督察院海兵科都给事中兼任，充任海兵督察部本部长，无军衔，负责所有海兵事务督察监察，俗称见官大一级。
除此之外，海兵都督府还有六位都督佥事，协助左右都督和都督同知分管专项事务，中将军衔。
二十二司，主官均为都指挥使，正二品官职，中将军衔，下设处、组。
所辖海兵大学堂、海兵总医院、海兵装备研究所、宪兵第一总队，第一勤务总队等，均为正二品官职，指挥使级别，最高中将衔。
四大镇守府，设左右总督各一名，从一品官职，二级上将军衔，同样左主外，右主内，下设宪兵总队、勤务总队、医院、专科学堂、巡防舰队、基地、工厂、仓库、炮台等直属部门和隶属部队，指挥官级别从从四品到三品官职，守备到指挥使，中校至少将衔。
中央舰队，设指挥长一名，由舰队指挥部指挥长兼任，设副指挥长一人，都指挥同知级别，正二品官职，中将衔。
内设舰队指挥部本部，幕僚长一名，都指挥同知级别，中将衔，设指挥、职方、支援三处，都指挥佥事级别，少将军衔。
下设舰队、战队两个级别，分别为三品的指挥使、准将或少将衔，从三品的指挥同知、上校或准将衔。
所属舰长，主力舰舰长为从三品，指挥同知，上校或准将，巡洋舰舰长或大型运输舰为正四品上校，雷击舰、炮舰及以下舰船，五品至从四品不等，不过作为一舰之长，军衔依然最低为少校军衔。
海兵陆战队，由于前期作战不力，也是此次改造重点，设指挥长一名，由陆战队指挥部指挥长兼任，设副指挥长一人，副将级，从二品官职，中将衔，三人。
内设陆战队指挥部本部，幕僚长一名，副将级，从二品官职，中将衔，下设指挥、职方、支援三处，参将级，三品职，少将衔。
下设营、协、标、哨、队、什等级别，三品以下至等外军官，主官分别为参将、游击、都司、哨官、队正、什长，军衔分为将、校、尉、准尉、士官。