人类补完计划，奈欧斯第一次听到了这个词。
这一次，碇唯断开了和碇真嗣之间的心灵通讯，似乎是不想让儿子知道这件事，转而将这份计划对奈欧斯全盘托出。
而有意思的是，这份计划也涉及到了碇源堂隐瞒的东西。
很久之前，最初宇宙中存在一棵世界树, 这棵世界树是一切的起源。
世界树经历了长久的岁月之后，一分为三。化为白之月亚当，黑之月莉莉丝，在分化出这两者之后，世界树的树根化为了朗基努斯之枪。
之后，莉莉丝和亚当, 分化出了其他使徒和人类。
这一切, 都来源于死海文书的记载。
同样的, 人类补完计划也是如此。
第二次冲击发生的时候，人类组织，也就是幕后的掌控者得到了死海文书，并知晓了这一切的存在，其中，书中预言类将会在未来进行“补完计划”——其实就是将一切回归到世界树的状态。
人类之所以没有办法合一，是因为人与人之间终究不能真正的敞开心扉，而且人类自身还有缺陷，不像使徒那样充满力量。“心之壁”，人心之间都隔着一道墙壁。唯有回归最初的形态，大家都是一体，心之壁才会消除。
把所有人类的灵魂摆脱肉体的躯壳，回归到一个集合体之中，摒弃人与人之间心灵的隔阂, 超脱成为更进一步的生命。
“原来如此，人类补全计划······”
听到这里，奈欧斯本能的皱起了眉头。
这个计划听起来玄之又玄，但却让他有种莫名的既视感。
名为奇迹之星的阿柏似乎就是以类似的模式生存了下去，并因此成为了几万年没有战争的天堂，从这一方面来看，这对于这个地球的人类似乎是个非常好的选择。
然而，人类补完计划与其说是阿柏，不如说更像是尹路德人。
当初在迪迦的世界中见到的宇宙人，它们共用一个大脑，以同化别的生物化为自己的同胞为目的侵略了地球。
其实细究起来，尹路德人的存在方式和阿柏的知性生命体很像，然而关键在于，知性生命体是阿柏本身的文明经过了长久的发展进化自然统一的结果，而尹路德人则是强迫他人与自己同化。
此刻的人类补完计划正是如此。
这种计划，听起来很美妙，但就这么肆意决定整个地球人类的命运，真的可以吗？
从某种意义上，这是决定了地球仅剩几十亿人口的生命。
虽然因为是人类自己的选择，奈欧斯没有理由阻止，但是，奈欧斯却无法赞同这种思想, 肆意决定他人的命运，他不认为这是正确的选择。
“所以, 你是为了阻止这项计划才融入初号机的吗？”
“嗯，表面上是为了阻止第三次冲击，实际上则是为了实施人类补完计划，但是，这种“妄图控制神”的行为是一种打开“潘多拉魔盒”的行为，而这其中，初号机起到了关键的作用。
只是，如何解决的同步问题让我感到了困惑，但紧接着，我想到了解决方法——让一个人的魂寄宿在的核心当中，再让驾驶员塔上，让两个魂进行同步。而这个驾驶员，最好跟当中的魂有关系，而因此最佳方桉就是用魂的其子女作驾驶员。”
碇唯以平澹的语气说出了恐怖的事实。
就这一点来看，她成功了，碇真嗣成为了最适合初号机的驾驶员。
“这就是我的打算，我研究的技术，就是让人类得到永生，永远在宇宙中生存，留下人类在宇宙中活过的证明。不过，现在看来，有了别的希望，奈欧斯奥特曼——”
说着，碇唯抬头看向了奈欧斯：
“——请你，阻止这一切，好吗？”
是的，碇唯的计划不过是没有办法的办法，而面对这个操纵了人类社会的组织，唯一的破局之法就在奈欧斯身上。
在初号机中的碇唯，其实也见过奈欧斯战斗的姿态。
那样的力量，只要对方愿意出手，人类补完计划将会失败，她是如此坚信，于是，她选择了，向这位荧幕上的英雄求助。
然而，出乎意料的是，奈欧斯却摇了摇头：