其批评《难经》，说它对心肝肺的描述具体到了“每件重几许”，对大小肠的描述具体到了“每件长若干”，对胃的描述具体到了能够装下谷米“几斗几升”，给人一种很真切、很值得相信的感觉，实际上却并不准确，作者没亲眼考察过脏腑，只是“以无凭之谈，做欺人之事，利不过虚名，损人却属实祸”，利己有限损人甚重，实在是不可取。
他还批评《金匮》对疾病的描述，并非真的了解病源，而是在玩弄似是而非的文字游戏。《金匮》里说受风会令人鼻塞喷嚏，又说受风会令人半身不遂，王清任质问道：“今请问何等风、何等中法，则令人鼻塞喷嚏、咳嗽声重、鼻流鼻涕？何等风、何等中法，则令人半身不遂？”——既然如此，请说一说究竟是什么样的风，什么样的中风方式，可以让人鼻塞打喷嚏；又是什么样的风，什么样的中风方式，可以使人变得半身不遂？
这种较真式的质问，是推动包括医学在内的科学研究往前进步的必要，却也引起了同行们的厌恶与反感。在他们眼中，王清任走得实在太远了。他不但质疑、批评《黄帝内经》与《金匮》这样的煌煌经典，还否认了“三焦”的存在，否认了传统说法对“经络”的描述
可作为拓荒者的王清任由于医学理论也尚未脱出传统的窠臼，加之这与其只能在坟地与刑场随机观察、无法获得正规的尸体解剖机会有直接关系，误读、误解也在所难免，《医林改错》自然也有错误。赵昺就记的有人提出书中将动脉误认作了气管；将精道、血管与溺孔描绘为互通，就是错误的。
想想五百多年后，西方医学解剖知识已经传入中国，时人的认知还是这种程度。当前的只能说是十分粗陋，即没有详细的骨骼解剖图，也没有血管的分布图，甚至动脉和静脉都没有做出区分，更不要说了解血夜是如何运行的，还以为人是靠心脏来进行思考的。
赵昺对于人体的知识，只是来自于《生理卫生》课程，而那也是普及人体构造最基本知识。无奈之下，他只能依靠回忆复写了一边，并配上了插图。但是过去的时间实在太长了，他也不敢保证写的和画的正确，即使这样也被郝云通等一帮太医视为神作。
赵昺却是不敢托大，而是给他们一道‘密旨’授权他们可以解剖无主的尸体，深入研究，并详细绘制图画，与自己编写的相互印证，纠正其中的错误，作为培养医士的教材只用。而尸体在利用完毕后要妥善处置，不可随意丢弃和毁损。
持续不断的战争和灾祸，制造了无数的无主尸体，也得以让太医院和医药院的医士们有了几乎取之不尽的尸体来源。而在给战争中的伤者医治过程里，也让他们取得了宝贵的实践经验和验证解剖中的所得。可以说这让大宋的医学研究前进了一大步，却又难说是幸事，还是悲哀。
但是这种研究毕竟为当下的世俗观念和道德标准所不容，因此太医院的研究一直是在秘密的情况下进行的，参与的医士也严令不准外传，免得引发争议和众怒。不过他们研究的成果却源源不断的出现在施教的教材中，培养出具有全新观念的医生，同时也造福于伤病患者。
历经七年，太医院解剖了不知道多少尸体，终于完成了人体系列解剖图的绘制，其中既有人体脏腑图，骨骼图，还有各个脏器的分解图。如果以现代的标准来看，依然称不上详细，可这是没有依靠各种现代医学仪器完成的，也足以算是医学史上的里程碑了。
呈给赵昺这本图谱汇总，应该算是太医院多年的研究成果，不过他暂时还不想公之于众。因为当下的“儒医们”更乐于使用阴阳五行理论，来推演人体的结构与运作，而非去做实体观察。他知道一旦公开，其中的东西足以颠覆千百年来人们传统医学的认知，让那些儒医视为根本的理论和典籍遭到质疑。
所以赵昺以为还是缓行，这套图谱虽然不能公开刊行，但可以先用于医疗教学和指导临床实践，待广为人接受的时候，再公开不迟……